Ocupa un edificio singular de la segunda mitad del siglo XVI, de gran valía patrimonial y arquitectónica y que a lo largo de sus 400 años de historia ha tenido múltiples usos.

A mediados del siglo XVI el espacio estuvo ocupado por la Casa del Peso de la Harina, una alhóndiga que se utilizaba para almacenar harina. Más adelante, en 1586, se fundó el Hospital de los Desamparados y en 1604 la orden de San Juan de Dios comenzó a hacerse cargo del recinto. Es durante este periodo que el edificio adopta la estructura arquitectónica que lo caracteriza, denominada como “de tipo hospitalaria conventual”, pues su claustro está conectado a la Iglesia de San Juan de Dios hacia el coro y la sacristía.

Después de 200 años de labor las órdenes religiosas son expulsadas del inmueble y la administración del hospital pasa a manos del Ayuntamiento de la Ciudad de México.

Durante el Segundo Imperio Mexicano, Maximiliano de Habsburgo decreta la creación de un Instituto de Sanidad en las instalaciones del hospital que ofrecía atención a prostitutas, especializándose en el tratamiento de enfermedades venéreas. Se mantuvo como Hospital de la Mujer con diferentes nombres durante varios años y en 1931 es declarado monumento histórico.

En 1981 el Gobierno Federal, apoyado por un programa de restauración del Centro Histórico, concesiona el Antiguo Hospital de San Juan de Dios al Fideicomiso Cultural Franz Mayer rescatando al monumento del derrumbe. Tras un año de acondicionamiento y rescate del inmueble, el monumento histórico queda preparado para albergar al Museo Franz Mayer y sus colecciones.

El Museo Franz Mayer está comprometido con la conservación de este significativo espacio en cuyas paredes es posible encontrar elementos decorativos o estructurales de la edificación original que dialogan con los objetos del museo. Así, el acervo artístico resguardado dentro de un edificio virreinal catalogado como monumento histórico convierte al recinto mismo en una pieza más de la colección.