Ocupa un edificio singular de la segunda mitad del siglo XVI, de gran valía patrimonial y arquitectónica y que a lo largo de sus 400 años de historia ha tenido múltiples usos.

A mediados del siglo XVI el espacio estuvo ocupado por la Casa del Peso de la Harina, una alhóndiga que se utilizaba para almacenar harina. Más adelante, en 1586, se fundó el Hospital de los Desamparados y en 1604 la orden de San Juan de Dios comenzó a hacerse cargo del recinto. Es durante este periodo que el edificio adopta la estructura arquitectónica que lo caracteriza, denominada como “de tipo hospitalaria conventual”, pues su claustro está conectado a la Iglesia de San Juan de Dios hacia el coro y la sacristía.

Después de 200 años de labor las órdenes religiosas son expulsadas del inmueble y la administración del hospital pasa a manos del Ayuntamiento de la Ciudad de México.