Es un fideicomiso cultural administrado por el Banco de México, con un Patronato establecido por el filántropo y coleccionista de origen alemán Franz Mayer.

Es una institución sin fines de lucro que desde hace 32 años se ha dedicado a conservar, investigar y presentar las amplias colecciones de libros, pintura, y artes decorativas que constituyen el legado de Franz Mayer, así como otras importantes colecciones, destacando la Colección de Arte Popular de Ruth D. Lechuga y la de William Spratling. El museo se ubica en un edificio singular del siglo XVI en el Centro Histórico de la Ciudad de México, el cual perteneció a la orden de San Juan de Dios y funcionó como hospital hasta 1966.

El Museo Franz Mayer alienta la innovación y la creatividad en la sociedad conservando, investigando y difundiendo el arte y el diseño a través de sus colecciones permanentes y sus programas temporales. Busca ser una institución de excelencia que brinde experiencias de conocimiento, disfrute y aprendizaje a todos los públicos contribuyendo a la formación y al desarrollo del ser humano.