La colección de Franz Mayer se formó a lo largo de su vida, influenciada por sus viajes, el mercado del arte y el contexto histórico. Su primera adquisición fueron azulejos provenientes de diversos edificios, incluido la Casa de los Azulejos, lo que marcó el inicio de un acervo amplio y diverso.

A lo largo de los años, reunió piezas excepcionales de cerámica, mobiliario, fotografía, plata, pintura, relojes, textiles y cartografía. En su última etapa como coleccionista, Mayer dirigió su atención al arte virreinal, buscando piezas monumentales que fueran representativas de la historia de México.

Con el tiempo, su colección fue depurada con el apoyo de expertos, consolidándose como una de las más valiosas de su tipo. La diversidad de técnicas, materiales y contextos la convierten en una fuente inagotable de estudio. Su importancia ha trascendido el Museo, llevando piezas de gran valor a exposiciones en México y el extranjero.