Desde su apertura, el Museo ha inspirado a diversas generaciones a través de sus objetos, alentando al aprendizaje y contribuyendo al disfrute de los visitantes. El inmueble que lo resguarda el antiguo hospital de San Juan de Dios es en sí mismo una fuente de inspiración que nos habla de la historia, arquitectura y formas de vida durante el periodo colonial en México. Así como también, subraya la importancia de recuperar y rehabilitar inmuebles históricos para brindarles un uso que se adapte a las necesidades del mundo moderno.

Hoy en día, al legado de Franz Mayer se han sumado las valiosas colecciones de Ruth D. Lechuga, Wolfgang Paalen, William Spratling y Marguerite Rostan, así como otras importantes donaciones que enriquecen la misión del Museo.