Resguarda un acervo de libros datados entre los siglos XVI al XIX, diversas publicaciones especializadas en el estudio del arte y el diseño, y un amplio número de catálogos de subastas y exposiciones de museos nacionales e internacionales.

El acervo destaca por el valor histórico y de contenido de sus obras, que se organiza en diferentes fondos. El Fondo de libros antiguos y raros, cuyo periodo comprende los años entre 1484 y 1799, resguarda ejemplares como incunables europeos, biblias, misales, manuscritos, libros de coro y ejecutorias de hidalguía. Por otro lado, el acervo de documentos históricos comprende testimonios, títulos de propiedad e informes fiscales, en su mayoría del siglo XIX. Así mismo, el Fondo Conventual está constituido por 420 manuscritos encuadernados en pergamino que provienen de distintas órdenes religiosas y cuyas temáticas son muy variadas. Más aún, el Fondo Cervantes, una de las colecciones de la obra cervantina más importantes de América, se constituye por casi 800 ediciones de Don Quijote de la Mancha en 19 idiomas. Entre ellas, es posible encontrar primeras ediciones, traducciones y ejemplares con las ilustraciones originales de Gustave Doré.

Mientras que la colección original responde a los intereses de Franz Mayer por libros y documentos antiguos, el acervo se enriquece constantemente con ediciones y títulos contemporáneos que mantienen su contenido vigente y funcionan como herramienta para la investigación. Hoy en día, la biblioteca cuenta con alrededor de 22,00 ejemplares organizados en sus diferentes fondos.